1：食品自身的天然毒素：天然毒素引起的食物中毒，主要是指有些动物植物中含有某种有毒的天然成分，往往由于这些动植物与无毒的品种类似，认识容易混淆而误食，或使用方法不当而引起中毒。
例如，白果中的氰甙，河豚含有河豚毒素，河蟹死亡后产生的组胺等，有些动植物食品在一般情况下并不含有有毒物质，但储存不当也会形成某种有毒物质，积累到一定数量，使用后也可引起中毒，例如马铃薯储存不当，发芽后可产生龙葵素。
2：生物对食品的污染。
许多生物如微生物，寄生虫及虫卵和昆虫等都可造成生物污染，许多污染食品的微生物可产生对人，畜有害的毒素，其中有些是致癌物和剧毒物。
霉菌毒素:霉菌毒素主要是指霉菌在其所污染的食品中所产生的有毒代谢产物。霉菌产毒只限于少数的产毒霉菌，而产毒霉菌中，也只有一部分菌株产毒。
细菌毒素：污染食品的细菌的毒素，最主要的是沙门氏菌毒素，葡萄球菌毒素，肉毒杆菌毒素等。
寄生虫及虫卵的污染，有的食品含有寄生虫和寄生虫卵，食用后对人体健康危害也很大，如绦虫病，蛔虫病，都是因食用了含有此类虫卵的食品所致。
3：食品添加剂：食品添加剂的种类很多，主要有防腐剂，抗氧化剂，乳化剂，疏松剂，发色剂与发色助剂，漂白剂等，食品添加剂安全使用非常重要，理想食品添加剂应是有益无害的物质，但是，有些食品添加剂，特别是化学合成食品添加剂，往往都有一定的毒性，因此要严格控制使用量。
4：化学毒素污染:化学毒素污染包括各种有害金属，非金属，有机物，如汞，镉，铝，砷，农药，工业三废等对食品的污染。
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